長文の中での過去完了形(had p.p.)は、文法問題とは違って、単独で使われる(同一文に基準となる過去形を含む文がない)ケースがよくあります。その場合も「該当箇所が、前後の文脈よりもさらに以前の事柄であること」を読み取るようにしたい意識したいですね。より深い読解につながると思います。